5 anni dopo… L’equipaggio dell’Arcadia si è diviso, l’era dei pirati è ormai terminati e nello spazio sembra tornato l’ordine. Mentre l’ultima dei compagni di Harlock, Kei Yuki, viene catturata dalle forze dell’ordine, i 4 scienziati posseduti da Noo (il terribile demone della prima serie) tornano in vita e fuggono dal pianeta Panopticon (nel quale si trovavano) a bordo della Fata Morgana. Da qui si recando dal professor Daiba e gli sottraggono la lastra, ma nello stesso istante arriva Harlock, che mantiene la promessa che aveva fatto al professore tempo prima (ucciderlo se stesse per cedere alla tentazione di tradire l’umanità). In seguito, i quattro Noo partono per il Sistema Solare e, una volta lì, creano il caos: fanno sparire la Terra colpendola con un raggio d’energia, e diffondono la paura nei cuori degli abitanti dei vari pianeti, facendo scoppiare una guerra interplanetaria. Su Panopticon, intanto, Harlock trae in salvo i suoi ex compagni dalla prigione e parte assieme a questi ultimi e a Tadashi (il figlio del professor Daiba intenzionato a vendicare la morte di suo padre, che crede causata dai Noo, non dallo stesso Harlock) verso il Sistema Solare. Sarà proprio Harlock, aiutato dall’anima del suo grande amico Tochiro, a evitare che Noo si impossessi di nuovo dell’universo.

Space Pirate Captain Herlock – The Endless Odyssey è una serie anime in 13 OAV del 2002 prodotta dalla Madhouse, e diretta da Rintarō, libera rivisitazione dell’universo immaginario di Leiji Matsumoto, come testimoniato dalla storpiatura in Captain Herlock del celebre personaggio di Matsumoto, Capitan Harlock.