Nell’universo di Star Wars, i separatisti sono un gruppo di ribelli che si oppongono alla Repubblica Galattica, il governo che domina la galassia da migliaia di anni. I separatisti sostengono che la Repubblica sia corrotta, inefficiente e ingiusta, e che i loro pianeti e le loro corporazioni abbiano il diritto di autodeterminarsi. Per questo, hanno formato la Confederazione dei Sistemi Indipendenti (CSI), una coalizione di sistemi stellari e organizzazioni economiche che si sono staccati dalla Repubblica e hanno dichiarato la loro sovranità. La CSI è guidata dal Conte Dooku, un ex Jedi che ha abbandonato l’Ordine e si è convertito al lato oscuro della Forza. Dooku è in realtà un Signore dei Sith, un ordine segreto di malvagi utilizzatori della Forza, che ha come maestro Darth Sidious, il misterioso capo supremo dei Sith. Sidious è in realtà il cancelliere Palpatine, il leader della Repubblica, che ha orchestrato la crisi separatista per aumentare il suo potere e distruggere i Jedi, i guardiani della pace e della giustizia nella galassia.
Per combattere la Repubblica, i separatisti hanno creato un’immensa armata di droidi, controllata dal Generale Grievous, un cyborg spietato e abile nel combattimento con le spade laser. I droidi separatisti si scontrano con i cloni della Repubblica, soldati geneticamente identici creati su Kamino da un cacciatore di taglie chiamato Jango Fett. Le due fazioni danno vita alle Guerre dei Cloni, un conflitto devastante che dura tre anni e coinvolge numerosi mondi. Tra le principali battaglie delle Guerre dei Cloni, si ricordano quelle di Geonosis, dove i separatisti vengono scoperti dai Jedi e inizia la guerra; di Christophsis, dove Anakin Skywalker e Obi-Wan Kenobi salvano il pianeta dall’assedio separatista; di Ryloth, dove i cloni e i Jedi liberano gli abitanti dal dominio dei droidi; di Umbara, dove i cloni devono affrontare un tradimento da parte di un Jedi oscuro; di Coruscant, dove i separatisti tentano di rapire il cancelliere Palpatine; e di Utapau, dove Obi-Wan Kenobi uccide il Generale Grievous. La fine della guerra coincide con la fine della CSI. Dooku viene ucciso da Anakin Skywalker su ordine di Palpatine, che rivela la sua vera identità di Sith e lo seduce al lato oscuro. Anakin diventa Darth Vader, il nuovo apprendista di Sidious, e viene inviato a Mustafar, dove elimina i leader separatisti che si erano rifugiati lì. Palpatine, approfittando dell’emergenza bellica, trasforma la Repubblica nell’Impero Galattico, e ordina l’eliminazione di tutti i Jedi. Solo pochi riescono a scampare al massacro, tra cui Obi-Wan Kenobi e Yoda, che si nascondono in esilio.
I separatisti, quindi, sono stati solo degli strumenti nelle mani dei Sith, che hanno usato la guerra per instaurare un regime tirannico. Tuttavia, alcuni di loro hanno agito per ideali sinceri, e alcuni hanno continuato a resistere all’Impero anche dopo la guerra. Tra questi, si ricorda Saw Gerrera, un combattente della libertà che ha aiutato la ribellione a rubare i piani della Morte Nera, la superarma dell’Impero. La speranza di restaurare la democrazia nella galassia è affidata a Luke Skywalker, il figlio di Anakin, che si unisce ai ribelli e diventa un Jedi.