La trama de “Il Mistero della pietra Azzurra” è ambientata nel 1889: Jean e’ un ragazzo di 13 anni e vuole diventare un grande inventore. Con l’aiuto dello zio costruisce un aereo e lo porta alla fiera delle scienze di Parigi per partecipare alla gara con altri costruttori. Qui incontra Nadia, un’acrobata, inseguita da due loschi figuri al servizio di Rebecca: vogliono la sua pietra azzurra. Jean e Nadia vengono catturati ma riescono a fuggire con l’aereo!! Purtroppo precipitano in mare a causa di un guasto.. vengono recuperati da una nave da guerra inglese alla ricerca di un Mostro Marino!!
La nave viene poi attaccata da due mostri, che in realtà sono due sottomarini!! Proprio su uno di questi, il Nautilus, Nadia e Jean vengono ripescati e subito spediti su un’isola abitata…L’isola e’ assediata dagli uomini di Argo, un megalomane che vuole conquistare il mondo!! Una ragazzina orfana, Marie, si unisce ai due. I 3 ragazzi vengono catturati di nuovo e scoprono che Nadia e’ la principessa del dimenticato regno di Atlantide.
L’equipaggio del Nautilus corre in loro aiuto insieme alla banda di Rebecca, passata dalla parte dei buoni! La base di Argo viene distrutta e Nadia coi suoi 5 amici torna sul Nautilus. Durante le 1000 avventure che seguono Jean e Nadia si avvicinano molto, anche se Jean e’ sempre piu’ impegnato ad imparare nuove tecnologie con Elettra (membro dell’equipaggio)… Costruisce un elicottero improvvisato e anche un jet giocattolo. Argo e’ di nuovo in agguato! Il Nautilus si scontra con la nave spaziale dei cattivi! I ragazzi hanno la peggio e Jean e Nadia sono costretti a fuggire a bordo della cabina del capitano Nemo (il vero padre di Nadia!). Jean, Nadia e Marie si trovano in balia delle onde, ma Nadia non perde comunque occasione per contestare ogni cosa! Approdano su un’isola deserta: si susseguono numerosi piccoli scontri, ma l’istinto di sopravvivenza spinge l’”uomo”della situazione (Jean!) a costruire una capanna e provvedere al cibo… Nadia si ribella dicendo di essere vegetariana e fugge nel bosco!
Nel giro di 2 puntate Jean e Nadia si baciano 2 volte: nasce un amore! Nel frattempo avvistano un’altra isola dove la gravita’ gioca strani scherzi.. Rebecca, Hanson e Sansone sono laggiù! Quest’isola è il Noè’ rosso, cioe’ la nave spaziale che deve ricostruire il regno di Atlantide. Ma Nadia rinuncia al suo compito per amore di Jean e ritorna dai suoi amici. Ritrovano il Nautilus mentre si prepara ad un nuovo attacco: la faccenda si complica e Nadia viene catturata e schiavizzata. Elettra, Nemo e Jean vanno a salvarla e scoprono la presenza di Neo, il fratello di Nadia, dotato di poteri telepatici e ridotto ad automa…
Argo tenta di convincere Nemo a restaurare l’antico dominio di Altlantide ma fallisce: uccide Jean e ferisce gravemente gli altri 2. Neo rinsavisce e cerca di togliere la corona a Nadia per liberarla dall’intontimento, mentre il nuovo Nautilus uccide Argo. Una grande esplosione sta per colpire tutti: Nemo si sacrifica per permettere la fuga ai compagni! Durante l’addio viene svelata una relazione tra Nemo ed Elettra che aspettano un bambino! Nadia quindi si salva e deve scegliere: il potere della pietra azzurra o la vita di Jean… sceglie la seconda possibilita’ e Jean resuscita tra le braccia del suo amore! Il regno di Atlantide e dell’antica Tartesos e’ caduto, i protagonisti tornano a casa. L’epilogo e’ raccontato da Marie a 18 anni: il matrimonio tra Jean e Nadia,il successo di Hanson, ora grosso industriale, la corteggiatissima Rebecca (moglie di Sansone!!).
