La pubblicazione è iniziata 24 agosto 2006 parallelamente a Saint Seiya: Next Dimension (come suggerito dal sottotitolo comune), ognuno dei due raccontando un diverso punto di vista della storia, ma è divenuto chiaro all’uscita del terzo capitolo di Next Dimension (il quale presentava dirette incongruenze assolutamente inconciliabili con gli eventi di Lost Canvas) che o l’uno o l’altro erano fuori continuità narrativa. The Lost Canvas (Il dipinto perduto) narra la storia della Guerra Sacra avvenuta nel diciottesimo secolo (243 anni prima della serie originale) ed è incentrata sul rapporto tra Aaron e Tenma, due ragazzi che da teneri amici sono destinati a combattere in due diverse fazioni: quella di Hades e quella di Athena.
Tenma, Sasha e Aron sono tre orfanelli che vivono nello stesso orfanotrofio in una cittadina italiana. Un giorno, Tenma viene reclutato dai Sacri Guerrieri d’Oro per diventare a sua volta un Sacro Guerriero al servizio della dea Athena. Durante l’addestramento al Santuario in Grecia scopre che la sua amica Sasha, adottata qualche anno prima, è in realtà l’incarnazione della dea stessa. Al termine del suo addestramento, Tenma riceve la Sacra veste di Pegasus e il titolo di Sacro Guerriero di Bronzo. Nel frattempo gli Spectre di Hades si stanno radunando proprio nella zona dove erano cresciuti Tenma, Sasha e Aaron. Inviato sul luogo assieme ad altri Sacri Guerrieri, Tenma scopre che Hades si è incarnato proprio nel corpo del suo amico Aaron, il quale lo uccide e fa precipitare il suo spirito negli Inferi.
L’attacco di Hades e degli Spectre suoi seguaci ha quindi inizio. Nella battaglia perdono la vita numerosi guerrieri di entrambe le fazioni, ma Hades, in quanto sovrano dell’Oltretomba, ha la facoltà di resuscitare ripetutamente i suoi fedeli. Nell’attacco perisce uno dei tre Giganti del Regno dei Morti, ovvero Minosse del Grifone (Stella del Cielo Nobile) sconfitto dopo un lungo combattimento da Albafica di Pisces(Che muore per le ferite) e Sion di Aries. Nel frattempo, Yuzuriha (guerriera del Jamir) e Yato Cavaliere di Bronzo dell’Unicorno vengono spediti nell’inferno per salvare Tenma, rimasto aggrappato alla vita grazie ad un braccialetto creato da Atena da bambina. Liberatolo dallo Spectre Fedor della Mandragola, Yuzuriha comunica ai due ragazzi che devono raggiungere una magnolia posto tra la Sesta e la Settima prigione. Raggiuntolo, appare il Cavaliere d’Oro Asmita della Vergine che paralizza Yuzuriha e Yato e combatte contro Tenma, che infine raggiunge anche per poco il settimo senso e lo colpisce. Allora Asmita gli rivela che deve portare con se nel regno dei vivi 108 frutti della magnolia per motivi sconosciuti. Tornati nel mondo dei vivi, i tre ragazzi vanno nel Jamir dal maestro di Yuzuriha proprio mentre un manipolo di Spectre sta attaccando quel luogo. Appare Asmita, che, presi i 108 frutti, va sul tetto della torre e rivela l’esistenza di un tale ottavo senso. Mentre i 3 ragazzi combattono contro gli spettri che però continuano a tornare in vita, Asmita brucia il suo cosmo fino a morire ma riesce a creare il rosario a 108 sfere che riesce ad intrappolare l’anima degli Spectre per imepdirgli di resuscitare.
Nel frattempo, al Santuario giunge Kagaho di Bennu, fortissimo Spectre venuto apposta per prendersi la testa di Doko della Bilancia. Ma sulla sua strada si para Aldebaran (Hasgard) del Toro contro il quale disputa un feroce scontro, venendo poi però sconfitto.Dopo aver fatto rapporto al Grande Sacerdote, Aldebaran e Sisifo del Saggittario avvertono un Cosmo potentisimo avvicinarsi al Santuario di Atena. Appare Ade che manda in pezzi la barriera di Atena ed è pronto a combattere contro chi una volta fu sua sorella.
