Il film si apre con una narrazione di Magi Lune, la saggia fata che ha sigillato Hexxus in un albero secoli prima, che spiega come la magia della creazione sia racchiusa in ogni seme e come le fate siano le custodi della foresta di FernGully. Crysta, la sua giovane allieva, è curiosa di esplorare il mondo oltre la foresta e di conoscere gli umani, di cui ha sentito solo leggende. Un giorno, segue Batty Koda, un pipistrello scappato da un laboratorio, fino al confine della foresta, dove vede una squadra di taglialegna che sta abbattendo gli alberi con una gigantesca macchina chiamata “Il Livellatore”. Tra gli operai c’è Zak, un ragazzo che si annoia e che decide di spruzzare della vernice su un albero. Crysta lo vede e lo segue, ma per sbaglio lo rimpicciolisce con la sua magia e lo porta con sé nella foresta. Zak scopre così il mondo incantato di FernGully, popolato da fate, animali e piante parlanti. Crysta gli presenta i suoi amici, tra cui Pips, il suo pretendente geloso, e gli mostra le meraviglie della natura. Zak si rende conto di quanto sia sbagliato distruggere la foresta e si innamora di Crysta.

Nel frattempo, il Livellatore si avvicina sempre di più a FernGully e taglia l’albero in cui è imprigionato Hexxus, che si libera e si impossessa della macchina, alimentandosi dell’inquinamento che produce. Hexxus vuole vendicarsi delle fate e distruggere la foresta, e per farlo deve raggiungere l’albero più grande e antico, chiamato “L’Albero della Vita”. Crysta e Zak si accorgono del pericolo e cercano di avvertire le altre fate, ma vengono ostacolati da Hexxus, che li attacca con il Livellatore. Zak riesce a sabotare la macchina, ma rimane ferito. Crysta lo porta all’Albero della Vita e usa la sua magia per curarlo e riportarlo alla sua dimensione normale. Hexxus però non si arrende e si trasforma in uno spaventoso mostro di fuoco e fumo, che avvolge l’albero e minaccia di uccidere Crysta. Zak, con l’aiuto di Batty e degli altri animali, riesce a fermare il Livellatore e a distruggere il suo motore, privando Hexxus della sua fonte di energia. Crysta, credendo nella magia della vita, si sacrifica per salvare l’albero e la foresta, e riesce a sigillare nuovamente Hexxus in un seme. Zak, commosso, promette di tornare da Crysta e di proteggere la foresta, e si allontana con gli altri operai. Crysta però non è morta, ma si è trasformata in un fiore, che poi ritorna alla sua forma originale. Il film si chiude con Crysta che diventa la nuova mentore delle fate e che pianta il seme di Hexxus, sperando che un giorno possa diventare un albero buono.

FernGully – Le avventure di Zak e Crysta è un film che ha il merito di sensibilizzare lo spettatore sui temi ambientali, mostrando le conseguenze negative dell’azione umana sulla natura e la necessità di un equilibrio tra le diverse forme di vita. Il film ha anche un messaggio di speranza, sottolineando il valore della magia, dell’amicizia e dell’amore, che possono vincere il male e creare nuove possibilità. Il film si distingue per la sua animazione fluida e dettagliata, che rende bene la bellezza e la varietà della foresta, e per la sua colonna sonora, che include canzoni originali di artisti famosi come Elton John, Sheena Easton e Tone Lōc. Il film ha anche dei momenti divertenti e ironici, soprattutto grazie al personaggio di Batty, doppiato da Robin Williams, che regala battute esilaranti e imitazioni di celebrità. Il film ha però anche dei difetti, come una trama piuttosto semplice e prevedibile, dei personaggi poco approfonditi e stereotipati, e un cattivo poco carismatico e spaventoso. Il film può risultare quindi un po’ datato e infantile, ma resta comunque un’opera apprezzabile e significativa, che ha saputo anticipare tematiche attuali e importanti.