Partendo dall’inizio della storia, la prima differenza riguarda l’avvio. Nel manga due turisti trovano Pegasus pieno di ferite vicino al Grande Tempio, le armature vanno smontate pezzo per pezzo prima di essere indossate, il primo incontro della Guerra Galattica è quello tra Pegasus e Geky, Cristal riceve una lettera dal Grande Tempio in cui gli si chiede di uccidere tutti i cavalieri di bronzo alla guerra galattica ed in cui gli si indica dove trovare l’armatura. Sarà soltanto dopo lo scontro fra Pegasus e Sirio che il cavaliere cambierà intenzioni. Nell’anime invece l’avventura si apre con lo scontro tra Asher e Ban, che quindi avviene prima di quello tra Pegasus e Geky, le armature si scompongono da sole per essere indossate, la lettera non esiste Cristal si reca a Nuova Luxor per dimostrare la sua abilità di guerriero e confrontarsi con cavalieri suoi pari.
Durante lo scontro con i cavalieri neri, nel manga Cigno nero, sconfitto, prima di morire invia a Phoenix il suo occhio destro, in cui sono immagazzinate tutte le informazioni sulle tecniche di Cristal. Esistono inoltre due “Dragone nero”, fratelli gemelli che combattono insieme. Infine, prima di essere sconfitto da Phoenix, Cristal gli congela il braccio destro, indebolendolo per lo scontro contro Pegasus. Nell’anime Cigno Nero invia a Phoenix il piccolo cigno nero del suo elmetto, nel quale si trovano le informazioni sugli attacchi di Cristal, ed esiste un solo Dragone nero. Anche qui Cristal congela il braccio di Phoenix, ma ciò non ha ripercussioni future.
Sconfitto da Pegasus, Phoenix ricorda il suo passato. Nel manga, ucciso il suo maestro, egli dovette eliminare anche Jango e sconfiggere i quattro cavalieri neri prima di ottenere l’armatura della fenice. Fatto ciò, affrontò Virgo, giunto lì per uccidere Jango, traditore del grande tempio, che lo vinse senza problemi. Virgo lo lasciò in vita e gli fece dimenticare quello scontro, ma fece in modo che, se si fossero rincontrati, Phoenix avrebbe avuto paura di lui. Nell’anime non c’è né lo scontro con Jango ed i suoi, che avverrà molto più avanti, né quello con Virgo. I due infatti si incontreranno per la prima volta alla sesta casa.
La differenza più importante tra manga ed anime riguarda il segreto dei cavalieri.
Nel manga, il maestro di Phoenix in punto di morte, rivela all’allievo che tutti i cento bambini inviati nelle varie parti del mondo per diventare cavalieri sono fratelli, figli di Alman di Thule. Phoenix, furioso con il padre che ha sacrificato tutti i suoi figli, decide di uccidere i fratelli con le sue mani. Sconfitto da Pegasus, Phoenix gli rivela il segreto, ed a sua volta il cavaliere informa gli amici dopo lo scontro con Eris e Moses. Anche Cristal, che incontrò il padre da piccolo, era al corrente di questo segreto. Solo più avanti, Lady Isabel spiegherà ai suoi cavalieri che Alman fu obbligato a sacrificare i suoi figli, come un “nuovo Abramo” perché diventassero cavalieri e proteggessero Atena e gli uomini. Nell’anime tutto ciò non avviene, il legame che unisce i cavalieri è solo di fraterna amicizia e non di sangue. Viene eliminata l’esagerazione dei cento figli di Alman, tutti i bambini sono orfani prelevati dai vari orfanotrofi, e Phoenix vuole distruggere i cavalieri per sete di potere.
Nel manga non compaiono né Docrates, né Morgana ed i suoi cavalieri né il Maestro dei Ghiacci né il cavaliere della fiamma. E’ infatti Acquarius l’istruttore di Cristal. Dopo la sconfitta di Phoenix vi è l’attacco dei cavalieri d’argento. Mur teletrasporta ogni cavaliere in un luogo diverso. Nell’anime invece l’insegnante di Cristal è il Maestro dei Ghiacci, a sua volta allievo di Acquarius. Sconfitto Phoenix, i quattro eroi sono attaccati da Docrates ed i suoi soldati. Il cavaliere della fenice si sacrifica per permettere loro di salvarsi, ma Docrates sopravvive. Lo stesso Phoenix risorge qualche tempo dopo e salva Andromeda dal Cavaliere della Fiamma, unendosi così ai guerrieri di Lady Isabel.
La lotta contro i cavalieri d’argento è la parte con più differenze.
Nel manga Pegasus è teletrasportato da Mur sulla spiaggia di Nuova Luxor, dove è raggiunto da Eris che lo affronta. Sopraggiunge però Castalia che colpisce l’allievo al cuore. Subito dopo arrivano gli altri tre cavalieri d’argento insieme ai tre cavalieri di bronzo. Moses con Sirio, Asterione con Andromeda e Babel con Cristal. I quattro cavalieri di bronzo sono seppelliti sulla spiaggia, ma mentre gli altri vanno via, Eris, sospettoso, resta e colpisce la tomba di Pegasus, dalla quale il cavaliere balza fuori vivo e vegeto. Pegasus sconfigge Eris, gli altri cavalieri sepolti erano in realtà cavalieri neri. Pegasus abbandona la spiaggia, ma poco dopo Babel torna indietro ed affronta il vero Cristal, sopraggiunto, che lo uccide. Cristal va via, ma poco dopo tornano anche Asterione, Moses e Castalia. Capito tutto, i due cavalieri catturano la sacerdotessa. Pegasus, sentendola in pericolo, torna indietro e sconfigge Moses. Asterione ha la meglio su di lui, ma Castalia, liberatasi, lo uccide. Più avanti, torna anche Phoenix, che vince Damian ed Agape, ma poi, visti sopraggiungere i cavalieri di bronzo, va via. Prima però, Cristal gli consiglia di stare per una settimana su un’isola vulcanica del Mediterraneo per guarire il braccio destro, ancora congelato. Andromeda sconfigge Vesta, ma è pietrificato insieme a Cristal e Pegasus da Argor. Sirio si acceca ed uccide il nemico, salvando i compagni. Sirio poi torna in Cina per curarsi le ferite. Nell’anime, Pegasus passeggia sulla spiaggia con Lamia quando è attaccato da Eris e Castalia. La sacerdotessa lo colpisce al cuore e lo seppellisce, poi si allontana. Eris capisce tutto, tira fuori il corpo di Pegasus e lo affronta, venendo sconfitto. Pegasus va via, mentre torna Castalia insieme a Moses ed Asterione. Scoperto tutto, i due la catturano. Pegasus accorre in suo aiuto e sconfigge Moses, ma è vinto da Asterione. Castalia, liberata da Kiki, lo uccide, e prima di andare via lascia sulla sabbia la scritta “Pegasus, proteggi Atena”. Quella sera al palazzo dei tornei, Mylock informa i cavalieri, ed Isabel stessa, della vera identità della ragazza. Babel attacca all’improvviso, ma è sconfitto da Cristal, aiutato dai nuovi Cavalieri d’acciaio. Pegasus, Sirio ed Andromeda si recano al Grande Tempio in perlustrazione, ma Tisifone, insieme a Birdam ed Argor, fa precipitare l’aereo. Tisifone è sconfitta, Pegasus, Andromeda e Birdam sono pietrificati. Sirio si acceca per salvare i due amici e sconfigge Argor. Dragone torna in Cina sia per guarire sia per capire se, anche cieco, può essere un cavaliere. Giorni dopo, Isabel è rapita dai corvi di Damian, Pegasus la salva affrontando lui e Tisifone, ma viene ferito. Il potere di Lady Isabel libera i corvi dal poter di Damian, che, impazzito, precipita in un burrone. Giungono Cristal ed Andromeda, che vincono Tisifone, Agape, Vesta ed infine Phoenix. Il cavaliere della fenice vince Agape, Andromeda sconfigge Vesta. Poi Phoenix si reca sull’Isola della Regina Nera, dove sconfigge Jango ed i suoi. In Cina, Sirio affronta il suo vecchio compagno di addestramento Demetrios e lo vince nonostante la cecità, comprendendo sia il motivo che lo deve spingere a combattere, sia che ha ancora la forza per farlo. Frattanto Pegasus si reca sul monte Bandana ( o Jandana) per recuperare l’acqua della vita e guarire Sirio. La trova, ma deve affrontare e vincere Aracne, cavaliere d’argento.
Prima della partenza per il grande Tempio. Nel manga Nemes si reca a Nuova Luxor per convincere Andromeda a non partire, ma il ragazzo non l’ascolta. Nell’anime avviene lo stesso, ma Andromeda subito dopo è attaccato anche da due suoi ex compagni di addestramento, Reda e Sanzius, ed è obbligato ad affrontarli e sconfiggerli.
Al Grande Tempio. Nel manga Phoenix raggiunge la sesta casa dall’isola vulcanica e salva gli amici. Alla nona casa, i quattro eroi trovano solo le ultime volontà di Micene, che chiede loro di proteggere Atena. Alla statua della Dea, quando Pegasus impugna lo scudo, scompaiono sia la freccia dal petto di Lady Isabel che la metà malvagia di Gemini. Il cavaliere allora si suicida, chiedendo perdono ad Atena in punto di morte. I cavalieri d’oro giurano fedeltà a Lady Isabel. Nell’anime Phoenix, recatosi sull’isola vulcanica per solidificare l’armatura, deve affrontare due discepoli di Virgo, Loto e Pavone, prima di raggiungere la sesta casa al Grande Tempio. Alla nona casa, prima di leggere l’iscrizione di Micene, i cavalieri devono superare una serie di trappole, volte a dimostrare la loro fedeltà alla Dea a costo della vita. Alla statua di Atena, la luce dello scudo fa scomparire la freccia dal petto di Lady Isabel che, rialzatasi, percorre le dodici case. I cavalieri d’oro superstiti le giurano fedeltà, e la Dea, salvati i cavalieri di bronzo esanimi, raggiunge Arles. Lo sforzo congiunto dei cavalieri di bronzo, che uniscono i loro cosmi a quello di Pegasus affinché quest’ultimo colpisca il nemico, non sono sufficienti a vincere Gemini, ma solo a privarlo dell’armatura. Il sacerdote si lancia contro Atena ma la metà buona ha il sopravvento e si suicida, chiedendo perdono, con lo scettro della Dea.
“Natassia del paese di ghiaccio” esiste solo nel manga. La saga di Asgard solo nell’anime.
Il capitolo di Nettuno: Nell’anime, al termine dello scontro con Ilda, si scopre che è stato Nettuno a renderla schiava con l’anello del Nibelungo. Orion si sacrifica per sconfiggere Syria, giunto ad Asgard per uccidere i cavalieri, ma il generale riesce a salvarsi comunque. Nettuno rapisce Atena che, svegliatasi nel suo tempio sottomarino, lo riconosce come Julian Kevines, figlio di un ricco armatore che un giorno le chiese anche, invano, di sposarlo. Quella notte a capo Sunion, Julian scoprì di essere la reincarnazione di Nettuno. Atena rifiuta di aiutare Nettuno, che la rinchiude nella colonna principale. I cavalieri trovano ad Asgard l’ingresso per il regno sottomarino. Durante la battaglia, i cavalieri d’oro non possono intervenire per volere di Libra. Alla fine, Pegasus protegge Isabel dal tridente di Nettuno con il suo corpo. Oltre ai cavalieri, si salvano anche Julian, e Syria. Nel manga, i cavalieri sono in ospedale in gravi condizioni. Isabel è invitata al compleanno di Julian, che le chiede di sposarlo, ma lei rifiuta. Quella stessa notte, Isabel è rapita da un soldato degli abissi, ma Ioria la salva. Altrove, a Capo Sunion, Kevines scopre di essere il Dio Nettuno. Tetis cerca di rapire Atena e si reca a Nuova Luxor, ma Pegasus, seppur in stato di incoscienza, la salva. All’ospedale, Toro protegge i quattro cavalieri, ma è vinto da Syria, che poi costringe Isabel a seguirlo nel tempio sottomarino. Nettuno e Atena si riconoscono, Isabel rifiuta di aiutare il nemico ed è rinchiusa nella colonna principale dei sette mari. I cavalieri, ripresisi, seguono Tetis insieme a Kiki, che ha portato loro le armature riparate dai cavalieri d’oro, e raggiungono il regno sottomarino. I cavalieri d’oro non possono intervenire per volere di Libra. Alla fine, è Kanon a proteggere Atena con il suo corpo. Oltre ai cavalieri si salvano anche Julian e Tetis, che appare essere una sirena, mentre non si conosce il destino di Syria.
